I Centri della Fondazione si sono dotati fin dalle loro origini (per primo l’Istituto Storico Italo-Germanico nel 1973, quindi nel 1975 l’Istituto di Scienze Religiose) di una Biblioteca suddivisa fisicamente in un Polo umanistico ed un Polo scientifico.
Il patrimonio librario riflette, nel suo sviluppo, le linee di ricerca ed i progetti più importanti dei singoli centri che si sono succeduti negli anni.